Corría el año de 1929 cuando en el Real Sitio de San Fernando de Henares un grupo de vecinos decidieron reunirse para formar un equipo de fútbol, Sociedad Recreativa San Fernando fue el nombre elegido, siendo el presidente D. Francisco Cumplido de Lope y el secretario D. Ramón García Goyanes.
Después del parón de la guerra, en el año 1943, la S.R. San Fernando se federa y entra en 3ª regional. La vestimenta blanca que en un principio se utilizaba, fue cambiada en la temporada 44/45 por la camisola rojiblanca y pantalón azul, pasando a partir del 46/47 a ser camiseta roja y pantalón blanco hasta el año 1953 en que se queda el actual color blanco.
El 21 de octubre de 1953, siendo presidente D. Martín Jiménez Ramos y secretario D. Félix Rodríguez Pérez, la S.R. cambia su nombre por el de Club Deportivo San Fernando.
El C.D. San Fernando comienza un ir y venir de campo en campo, entre los que se encontraban: La granja Valdevibar , el Jardinillo, Huerta Chica, B° Coslada, hasta llegar al Sánchez Lorbada y el actual Santiago del Pino. Como es de suponer no existían vestuarios en la mayoría de ellos, teniendo que cambiarse entre junqueras y en las tabernas cercanas. Los desplazamientos se hacían andando o en bicicleta. El campo en el que más tiempo han jugado ha sido el Sánchez Lorbada, en el que estuvieron 23 años, no sin haber tenido algún que otro problema, pero hay que destacar que fue cedido gratuitamente mientras en el se jugó.
De las filas del C.D. San Fernando han salido buenos jugadores que llegaron a militar en equipos de 1ª y 2ª división, entre los que figuran: Bernardo (Sporting de Gijón y R. Madrid), Orejuela (Español F.C. y Osasuna), Benito (R Vallecano y Cádiz), Montes (cedido R. Madrid), Antonio (Valencia, Deportivo y Compostela), Argenta (cedido R. Madrid), Julián Montero (Getafe), y muchos otros.
Desde 1970 hasta 2008 han pasado por la presidencia del C.D. San Fernando: D. Ezequiel Peñalver, D. Iginio Ruano, D. Fernando Pastor, D. Pedro Barral, D. José García San Julián y D. Dalmacio Villa Salvador y Jose Antonio Leyva Sarmiento. tras las elecciones de Mayo 2008 tomó posesión el actual presidente D. Jose Antonio Leyva Sarmiento.
En 2009, toma posesión del cargo el actual Presidente del CD San Fernando, D. Luis Ignacio Leiva.
El C.D. San Fernando, desde 1994, tiene como equipo colaborador en las categorías inferiores (Infantil, Cadete y juvenil), al C.D. Irún que ya consiguieron ser Campeones en la temporada 95/96 y del que se surten de jugadores.
En la actualidad el C.D. San Fernando disputa sus partidos en el estadio Santiago del Pino, de propiedad Municipal, dotado de hierba artificial de ultima generación, con una dimensiones de 105 x 70, gimnasio y una capacidad de 1.200 espectadores. También dispone de otros dos campos de fútbol de similares características en el que se alternan los partidos y entrenamientos de las distintas categorías que conforman el club.
